沈飞请来秦九韶本来是打算让他参与设计改进宋代系和明代系的各种武器，没有想到和黄药师与秦九韶一说自己的一些战车和配合火器的战术思路，秦九韶先提出了对于战车的改造意见，给了沈飞很大的启发。
明代首先建立车步骑营作战的是俞大猷，谭纶曾奏议中承认“能尽车战之法，实惟俞大猷一人，即臣与戚继光皆自以为不及”，俞大猷得知要在北方建立车步骑营，也搜集了历代战车样式，按自己的经验修改，让工匠制作成小模型送给谭纶作参考。
俞大猷在大同建立车步骑营取得战果以后，后来也在京营建立车步骑营，和戚继光相同的是，两人都主张战车和火器同用，以战车阻挡骑兵，以火器杀伤敌军，攻守兼备。不同的是俞大猷制作的战车是正厢车，车厢在正面，利于进攻。而戚继光制造的战车是偏厢车，车厢在侧面，利于防守。火器轮番洗地加近战鸳鸯阵肉搏击溃敌军以后，骑兵出动追击歼敌。
沈飞是打算采用戚继光的编制和战术，却也和秦九韶提了一下正厢车的作用，商量是不是也建立了一个正厢车营辅助作战。秦九韶经过思考却提出可以改造战车，车厢档板改成可以活动，加一个转轴就可以，按作战需要，随时转变车厢档板的位置，防守时档板在侧面就是偏厢车，需要进攻时把车厢档板转移到正面就是正厢车。就像房间开门和关门一样，关门时门在正面，开门时就到了侧面，沈飞一拍脑袋，这么简单的设计之前居然没有想到，赶紧下令改建。又和秦九韶商量了一下，为了利于进攻，增加机动力，增加了一个车轮，成了三轮车式，方便战车行进和转弯。
那支仿“泼喜军”的机动速射投石机部队，经过和秦九韶黄药师及一群工匠商量和反复实验，取消了配重，采用了希腊式的扭力弹簧发射，也设计成浮臂式减小体积，重量不到五十斤，装卸方便，也就取消了骆驼，一个人就能抬着走。三个人操作一台，两人绞盘，一人装弹点火发射。发射的铁壳火球射程一百步，这个射程还不如骑兵营装备的虎蹲炮，作战时当然也是布置在车城中用作野战，也和虎蹲炮一样骑兵下马操作使用。
沈飞现在势力已成，办事也就少了一些顾忌。除了四川的井盐生意，已经开始联络山东的杨妙真，实行在第一个世界就干过的煮盐，还是技术入股和杨妙真瓜分利润。即便被蒙古人学会技术也不怕，沈飞提供的技术只是比市面上的盐稍好一些，且不说北方没有几个靠海可以煮盐的地方，即便效仿，只需要用氯化纳饱和溶液多冲洗几遍晶体就能获得数量和质量都更多的盐，叮嘱杨妙真采取饥饿营销策略，控制出货量保证利润，万一被别人学去了技术再稍微提高一些产量和质量。赚取的利润陆续购买了陕西、甘肃地区的河曲马逐渐运回襄樊战区。除了经商，沈飞也通过杨妙真这条线搜集蒙古方面的情报。
武林中人，书院和葵花卫以外，沈飞倚重最多的就是黄药师，也用交换桃花岛武功的名义把全本《九阴真经》给了黄药师，不仅商量武器的研发，还把一些军事战术思想和黄药师交流，使黄药师成为一个重要的作战参谋，沈飞的计划是黄药师必须具备取代自己指挥全军的能力，耶律齐和沈飞的几个亲传弟子也都是军事上重点培养的人才。
原因是新修版通过梅超风的回忆写了黄药师的身世和反宋思想，黄药师祖上是宋朝开国公侯，在五绝中家世仅次于南帝。祖父是宋高宗年间的御史，因为多次上书并且掀起民间舆论营救岳飞被高宗和秦桧杀害，家属流放云南，“他从小就读了很多书，又练成了武功，从小就诅骂皇帝，说要推倒宋朝，立心要杀了皇帝与当朝大臣为岳爷爷跟太师祖报仇”，是政治上和军事上最可靠的盟友。
欧阳锋出身西域，和南宋更没有关系，他虽然已经是孤家寡人，但是专门培育毒物和生化武器，对自己的帮助之大仅次于黄药师，沈飞也把五宝花蜜酒的配方共享给了他，和他一起敲定了加入新的毒物使功效翻倍的新药酒配方，经过欧阳锋同意，沈飞也把化尸粉加入了车骑营火器的专用火药里增加威力。
蛇类生长到成熟一般需要两三年，菩曲斯蛇这类异蛇则要慢一些，五年才能长成，山谷中原来有菩曲斯蛇200多条，再过一年数量就能翻倍，五彩雪蜘蛛倒是已经有了三十多只，沈飞只是取了毒液和蜂蜜酿制新版药酒，蜘蛛继续留给欧阳锋培育繁殖。本来沈飞曾打算和欧阳锋商量把蛇毒也掺进火药里，转念一想，蛇毒涉及欧阳锋的核心机密，而且中毒后能把人变成半丧尸化流毒无穷的效果过于恐怖，火器是要批量制造的，万一这种火器流出一批到了敌人手里对付自己人就大大不妙了，最终打消了这个念头。火器里掺的还是霍都的毒钉，李莫愁的冰魄银针这类配方比较“常规”的毒药，虽然霍都的毒钉蒙古人可能有解药，可是在战场上也是来不及解毒的。
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