有了这一万名标准非常高的士兵后，桓温又着手进行了编制改革，桓温将这一万人统为四个军，每军兵力有2500人，军之下有幢、队、什、伍等编制，一军有若干幢，一幢大致有10队，一队有10什，一什2伍，一伍5人，各个级别的长官分别是幢主、队主、什长、伍长。
部队编制完成之后，桓温又比照后世特种兵的训练标准培训士卒，再加上北府兵的大小将领皆出身流民，对同为流民的士兵有种天然的亲近感，吃住都跟士兵们在一起，甚至训练的间隙还能跟士兵们一起睡在田埂上，有什么事情大家也是相互帮助，彼此之间感情深厚，而这些都是出身士族的将领们无论如何都做不到的事情。
超高的待遇、能够同甘同苦的领导以及可以让后人蒙阴的身后事的安排，促使北府兵成为了一支铁血部队，他们可以共进退、同生死，团结力和凝聚力超强。
当然，战斗力和战斗意志是一方面，武器装备是另一方面，由于桓温完全是按照自己的私兵来打造北府兵，自然武器装备也是最顶级的，尽管由于历史的局限性桓温无法发明一些诸如火炮、火枪之类的热兵器，但好在桓温还拥有千年的智慧，因此在武器装备方面，桓温不吝重金，全部都是用当时最顶级的材质打造兵器，同时对兵器进行改良，这就让北府兵拥有了当时最先进的武器装备。
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